Bestehen aber noch pathologische Veränderungen, die durch Phase I (Unterbrechung der Entzündungsausbreitung) nicht behoben werden konnten, müssen diese chirurgisch behandelt werden. Die folgenden Behandlungstechniken stehen hierbei im Vordergrund:

• Geschlossene Kürettage,
• Offene Kürettage oder parodontale Lappenoperation,
• Gingivektomie (interne oder externe),
• Gingivoplastik,
• Gesteuerte Geweberegeneration (Guided tissue regeneration = GTR),
• Einsetzen eines Schleimhauttransplantats,
• Vestibulumplastik,
• Osteoplastik.

Seit den 70er Jahren hat sich ein Trend weg von radikaler chirurgischer Taschenverkürzung  entwickelt. Das Zahnfleisch wird nicht mehr grundsätzlich gekürzt und die Tasche damit weggeschnitten. In der modernen Parodontalbehandlung wird durch das Reinigen der Zahnwurzel-Oberfläche die Ursache für ein entzündungsbedingtes Tieferwerden der Tasche beseitigt. Danach wächst die Gingiva zwar nicht wieder an, die Entzündung geht aber deutlich zurück.