Die Zystektomie ist die vollständige operative Entfernung einer kleinen Zyste mit anschließendem Wundverschluss. Nach dem Schleimhautschnitt wird der Zystenbalg komplett entfernt. Diese Operation kann auch mit einer Wurzelspitzenresektion kombiniert werden. Danach wird die Schleimhaut über dem Knochdefekt dicht verschlossen. Wenn Zystenreste zurückbleiben, können daraus neue Zysten entstehen.