Odontoblasten können an diesem Loch in der Dentindecke später neues Dentin bilden. Im günstigsten Fall bildet die Pulpa eine neue Hartsubstanzdecke aus Reparatur- bzw. Tertiärdentin zum Verschluss des Defektes.

Die Vitalexstirpation (VitE) bzw. Pulpektomie muss durchgeführt werden, wenn die Pulpa von bleibenden Zähnen mit abgeschlossenem Wurzelwachstum breitflächig eröffnet wurde (z.B. infolge einer irreversiblen Pulpitis, eines Unfalls oder konservierenden bzw. prothetischen Präparationen). Nach Lokalanästhesie und Kariesentfernung wird die noch lebende Pulpa mit einer Exstirpationsnadel vollständig entfernt. Eine Wurzelkanalaufbereitung und -füllung schließt sich an. Im Milchgebiss ist die Vitalexstirpation nur vor Beginn der Wurzelresorption möglich.

Nach einer Anästhesie wird die freigelegte Kronenpulpa bis zu den Wurzelkanaleingängen abgetragen. Nachdem die Blutung aus dem zurückbleibenden Wurzelpulpastumpf mit H202 gestillt wurde, wird dieser Pulparest mit Kalziumhydroxid wie bei einer direkten Überkappung abgedeckt und versorgt. Bei günstigem Verlauf wird diese Amputationsfläche durch Tertiär- bzw. Reparaturdentin verschlossen (Bridging). Abschließend erfolgen eine Unterfüllung und eine definitive Deckfüllung.

Die Mortalexstirpation (MoE) dient zur Entfernung der gesamten Pulpa, die entweder schon devital ist oder erst noch durch Einlage eines Devitalisationsmittels abgetötet werden muss. Die Devitalisation wird allerdings nur dann vorgenommen, wenn eine Vitalexstirpation unter Lokalanästhesie nicht schmerzfrei möglich ist. Die vollständige Entfernung der Pulpa mit Wurzelkanalaufbereitung und -füllung schließt sich dann in einer Folgesitzung an.
Die relativ schonende Mortalamputation (MoA) ist heute nur noch einer  Milchzahn-Pulpitis indiziert. Dabei wird die Kronenpulpa nach der Devitalisation der Pulpa abgetragen und entfernt. Die zurückbleibende Wurzelpulpa wird mit einer langwirkenden Amputationspaste, die zu einer Mumifizierung bzw. Verlederung der Pulpa führt, abgedeckt und keimfrei gemacht.

Zuerst müssen die Kanaleingänge gefunden und erweitert werden. Besonders bei älteren Patienten ist es oft sehr schwer, die Eingänge zu den Wurzelkanälen zu finden, da diese häufig stark verkalken. Ist der Eingang gefunden, wird das erkrankte Gewebe aus dem Wurzelkanal entfernt. Wenn die Wurzeln stark gebogen, sehr fein oder verkalkt sind, kann es unmöglich sein, mit den Aufbereitungsinstrumenten bis an den Apex zu kommen. Die Folge ist dann eine ungenügende Wurzelkanalbehandlung, die den Zahn nicht zur Ruhe kommen lässt.

Die Wurzelkanallängenbestimmung legt die Arbeitslänge von Wurzelkanalinstrumenten fest, indem sie den Abstand von einem Bezugspunkt bis zum Foramen apicale bzw. der apikalen Einschnürung zeigt. Ausschlaggebend für eine korrekte Füllung der Kanäle ist ihre vorher z.B. röntgenologisch ermittelte Länge. Hierfür wird die Nadelmessaufnahme mit Aufbereitungsinstrumenten in den Wurzelkanälen angefertigt.

Im Bild ist dann erkennbar, wie weit das Instrument von der Wurzelspitze entfernt ist und welche Länge die Instrumente im Kanal haben dürfen. Die Kanallängenbestimmung kann elektrisch erfolgen. Dabei wird eine Sonde in den Kanal eingeführt und das Ende des Wurzelkanals über ein Messgerät angezeigt. Röntgenmessaufnahmen geben aber auch Hinweise über z.B. apikale Veränderungen und Wurzelkrümmungen. Die digitale Röntgentechnik ermöglicht seit einigen Jahren Messaufnahmen, die bei deutlich verringerter Strahlendosis und erheblicher Zeit-, Material- und Kostenersparnis sofort verfügbar sind.

Weiterhin ist eine Kanalaufbereitung mittels Ultraschall möglich. Während die maschinelle Aufbereitung nicht so ermüdend für die Handmuskulatur ist, kommen bei der manuellen Aufbereitung Instrumentenbrüche oder eine Überinstrumentation über die Wurzelspitze hinaus seltener vor.

Die Aufbereitung der Kanäle sollte bis zum Foramen apicale erfolgen. Bei devitalen Zähnen oder der Erneuerung von alten Wurzelfüllungen ist oft eine ausführliche Aufbereitung nötig, um in die Kanalwand eingedrungene Bakterien zu entfernen.

Ein unbeabsichtigtes seitliches Durchbohren der Wurzel nennt man via falsa, d.h. falscher Weg. Die Wurzelkanalfüllung hat das Ziel, den aufbereiteten Wurzelkanal mit einer speziellen Paste und mit passenden Guttaperchaspitzen bakteriendicht zu füllen und dadurch den Behandlungserfolg dauerhaft zu sichern. Die Wurzelkanalfüllungen erfolgen mit körperfremden Substanzen, die gewebsfreundlich, erhärtend, fließfähig, dimensionsstabil, wandständig, bakteriendicht, nicht resorbierbar und röntgensichtbar sein sollen. Zusätzlich ist eine desinfizierende Wirkung sinnvoll, um übrig gebliebene oder neu eingeschleppte Bakterien unschädlich zu machen.
In der Praxis existieren mehrere Verfahren zur Füllung von Wurzelkanälen:

• reine Pastenfüllung
• Füllung mit einem Guttaperchastift und Paste
• mehrere Guttaperchastifte mit wenig Paste
• reine Guttaperchafüllung

Bei einer thermoplastischen Wurzelkanalfüllung wird erwärmte, verformbare Guttapercha in den aufbereiteten Wurzelkanal gespritzt oder als Guttapercha-ummantelter Stift eingebracht. Bevorzugt wird das Einbringen mehrerer Guttapercha-Stifte mit erhärtenden Pasten. Bei zu weit vom Apex entfernter Wurzelkanalfüllung sowie bei Überfüllung kommt es häufig zu Misserfolgen. Während normalerweise die orthograde Wurzelkanalfüllung von der Krone her gelegt wird, wird die retrograde Wurzelkanalfüllung von der Wurzelspitze aus durchgeführt (z.B. bei einer Wurzelspitzenresektion).

Eine abschließende Röntgenkontrollaufnahme zeigt, ob es gelungen ist, die Kanäle vollständig und blasenfrei zu füllen. Es darf kein Hohlraum entstehen. Dort können sich Bakterien ansiedeln, die eine Entzündung hervorrufen können (Parodontitis apicalis). Die Kavität wird danach provisorisch oder definitiv verschlossen. Wurzelkanalbehandelte Zähne haben durch die Erkrankung und Behandlung oft ihre Form und Stabilität verloren. In diesen Fällen sind Überkronungen zu ihrem Schutz indiziert. Zur Befestigung dieser Kronen werden Aufbauten (z.B. aus Zement oder Kunststoff) in den Wurzelkanälen verankert. Dadurch wird aus diesem Zahn wieder ein voll belastbarer Teil des Kausystems.