Zysten sind abgeschlossene Hohlräume im Gewebe, die von einer „Epithel“ genannten Zellschicht umgeben sind und Flüssigkeit (Gewebswasser, Eiter, Blut oder Talg) enthalten. Kieferzysten befinden sich entweder im Kieferknochen oder im umgebenden Muskel- und Bindegewebe. Durch kontinuierliches, meist langsames Wachstum übt eine Zyste zunehmenden Druck auf das umgebende Gewebe aus.
Im Kieferbereich befindliche „odontogene Zysten“ gehen von den Zähnen aus:
Radikuläre Zysten entstehen an den Wurzelspitzen abgestorbener Zähne durch eine chronische Wurzelspitzenentzündung und sind mit einer hellgelben, cholesterinhaltigen Flüssigkeit gefüllt. Residualzysten sind nach einer Zahnentfernung zurückgebliebene und weiterwachsende radikuläre Zysten. Follikuläre Zysten bilden sich durch Ausdehnung des „Zahnsäckchens“ eines im Kiefer eingeschlossen bleibenden Zahnes. Das Zahnsäckchen (Zahnfollikel) ist die aus embryonalem Gewebe entstehende Keimzelle, aus der sich ein Zahn entwickelt. Besonders häufig treten follikuläre Zysten an den Weisheitszähnen des Unterkiefers, den Eckzähnen des Oberkiefers und an überzähligen Zähnen auf. Keratozysten (Primordialzysten) sind langsam oder aggressiv wachsende Tumore vorwiegend im Unterkieferknochen, die sich bei unvollständiger Entfernung neu ausbilden können. Parodontale Zysten (den Zahnhalteapparat betreffende Zysten) entwickeln sich um die Zahnkrone herum als Entzündungen von Zahnfleischtaschen lateral (neben den Zähnen). Gingivazysten sind feste, bläuliche Knötchen am Zahnfleisch („Gingiva“), die als langsam wachsende Zysten vor allem an den unteren Eckzähnen und an den Prämolaren (bestimmten Backenzähnen) auftreten.
Seltener als die odontogenen Zysten sind im Kiefer- und Mundhöhlenbereich die nicht odontogenen Zysten und Fisteln, die aus fehlentwickelten embryonalen Zellen oder bei beeinträchtigter Möglichkeit eines Speichelabflusses (Retentionszysten der Speicheldrüsen) entstehen.
Nasopalatine Zysten befinden sich mitten im Gaumen, Naseneingangszysten (nasolabiale Zysten) oberhalb der mittleren Schneidezähne in Nasennähe. Papilla-palatina-Zysten bestehen aus einer außerhalb des Kieferknochens liegenden, halbkugelförmigen Vorwölbung an der Gaumenpapille. Globulomaxilläre Zysten können wegen ihrer Nähe zur Kieferhöhle Zahnfehlstellungen bewirken. Zysten und Fisteln des Ductus thyreoglossus sind zwischen Zungengrund und Schilddrüse positioniert. Halszysten sind angeborene, rundliche Fehlentwicklungen im inneren Halsbereich, die entweder auf der Halsmittellinie oder seitlich („lateral“) angelegt sind. Pseudozysten stellen zystenähnliche Gebilde dar, die jedoch nicht mit einem Epithel ausgekleidet sind. Eine aneurysmatische Knochenzyste ist eine gutartige, aus mehreren Kammern bestehende Knochenfehlstruktur. Dermoidzysten sind Tumoren, die sich aus Keimzellen gebildet haben und sich aus unterschiedlichen Gewebearten zusammensetzen. Epidermoidzysten befinden sich an der Oberhaut.