Bestehen aber noch pathologische Veränderungen, die durch Phase I (Unterbrechung der Entzündungsausbreitung) nicht behoben werden konnten (z.B. Resttaschen), müssen diese chirurgisch behandelt werden. Die folgenden Behandlungstechniken stehen hierbei im Vordergrund:

• Geschlossene Kürettage,
• Offene Kürettage oder parodontale Lappenoperation,
• Gingivektomie (interne oder externe),
• Gingivoplastik,
• Gesteuerte Geweberegeneration (Guided tissue regeneration = GTR),
• Einsetzen eines Schleimhauttransplantats,
• Vestibulumplastik,
• Osteoplastik

Seit den 70er Jahren hat sich ein Trend weg von radikaler Taschenverkürzung hin zu „ausgeheilten“ Taschen entwickelt. Das bedeutet, das Zahnfleisch wird nicht grundsätzlich gekürzt und die Tasche damit weggeschnitten. Vielmehr wird durch das Reinigen der Zahnwurzel die Ursache für ein entzündungsbedingtes Tieferwerden der Tasche beseitigt. Danach wächst die Gingiva zwar nicht wieder (oder nur wenig in der Tiefe) an, die Entzündung geht aber deutlich zurück. Im Folgenden werden einige der oben genannten Behandlungstechniken beschrieben.